Además de su pinacoteca y de algunas otras obras de arte, la Academia Colombiana de Historia posee una colección de bienes arqueológicos, debidamente registrados ante el Instituto Colombiano de Antropología e Historia. Esta colección incluye elementos tanto en cerámica que es la mayor parte, así como objetos en concha, hueso, líticos, óseos y orfebrería. Estos bienes proceden en su mayor parte de Colombia, aunque algunos de ellos son de origen Centroamericano (Costa Rica) y otros de Ecuador y Perú. Una parte de ellos se encuentran exhibidos en una vitrina ubicada en la sala de sesiones ordinarias. A continuación, se presenta una muestra de algunos de estos materiales.