El Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario le otorgó el título de Colegial Honoris Causa en 1936.

Se posesionó como Miembro Correspondiente el 15 de febrero de 1930 y ascendió a Miembro de Número el 16 de agosto de 1933 ocupando la silla 16 en reemplazo del académico José Joaquín Guerra. Redactor del Boletín de Historia y Antigüedades (1934-1944). Director-inspector de Museo y Biblioteca, 1946-1947. Nombrado Vicepresidente en los años 1940 y 1941. Secretario Académico entre 1958 y 1959. Asumió la Presidencia de la Academia en los años 1956 y 1957. Fue promovido a la categoría de Académico Honorario en 1986.

Jefe del Servicio de Radiodifusión Cultural de la Biblioteca Nacional de Colombia entre 1932 y 1933.

Jefe del Archivo Histórico anexo a la Biblioteca Nacional entre 1933 y 1935.

Director de la Biblioteca Nacional de Colombia entre los años 1953 y 1954.

Cónsul de Colombia en Madrid entre 1947 y 1950.

Rector del Colegio Santiago Pérez entre 1955 y 1959.

Director del Museo Casa del Florero.

Catedrático de Historia de Colombia en el Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario, el Colegio de las Damas del Sagrado Corazón y el Colegio Departamental de La Merced entre 1935 y 1947.

Catedrático de la Facultad de Ciencias de la Educación y de la Escuela Normal Superior.

Miembro del Consejo Directivo de la Revista de Historia de América.

Numerario de la Sociedad Bolivariana de Colombia.

Miembro Correspondiente de la Academia Boyacense de Historia.

Miembro Correspondiente de la Real Academia de la Historia.

Miembro Correspondiente de la Academia Panameña de Historia.

Miembro Correspondiente de la Sociedad de Historia y Geografía de Guatemala.

Titular de la Societe des Americanistes de París.

Miembro Correspondiente de The Hispanic Society of América de Nueva York.

Titular del Grupo América de Quito.

Miembro Correspondiente de la Sociedad de Geografía y Estadística de México.

Colaborador Honorario del Instituto Gonzalo Fernández de Oviedo.

Miembro Correspondiente de la Sociedad Colombianista Panamericana.

Miembro Correspondiente de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando con sede en Madrid.

Miembro Correspondiente de la Academy of American Franciscan Historia con sede en Washington.

Miembro del Instituto de Cultura Hispánica en Madrid. Miembro

Colegial Honoris Causa del Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario.

Medalla de Plata de la ciudad de Bogotá.

Cronista Honorario de la ciudad de Bogotá.

Medalla de la Sociedad Bolivariana de Bogotá en la categoría de Comendador.

Oficial de la Orden del Mérito “Juan Pablo Duarte” (República Dominicana).

Comendador con placa de la Orden de Alfonso X El Sabio (Madrid).

Gran Oficial de la Orden del Mérito del Ecuador.

Caballero de la Orden Ecuestre del Santo Sepulcro (Roma).

Su libro “Teatro del arte colonial” fue distinguido con el Premio de la Raza otorgado en concurso internacional por la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando en la ciudad de Madrid.

Doctor Honoris Causa en Ciencias Naturales de la Universidad Pontificia Bolivariana.

Doctor Honoris Causa de la Universidad de Caldas.

Medalla del Mérito Universitario Francisco Antonio Zea.

Cruz de Boyacá en el grado de Caballero.

 “Frutos Joaquín Gutiérrez de Caviedes”, en: Boletín de Historia y Antigüedades, Vol. XIV, No. 168, Bogotá, Academia Colombiana de Historia, mayo de 1925, pp. 217-219.

“Joyas del arte colonial colombiano: el santuario de Monguí”, en: Revista de las Indias, Vol. 26, No. 83, Bogotá, noviembre de 1945, pp. 67-72.

“La misión de Bolívar a Londres en 1810”, en: Revista de las Indias, Vol. 21, No. 68, Bogotá, agosto de 1944, pp. 305-330.

Analectas del Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario, 1653-1953. Bogotá: Banco de la República, 1953, 45 h.

Archivo Epistolar del General Domingo Caycedo. Bogotá: Academia Colombiana de Historia, 1943, 3 tomos.

Archivo Epistolar del sabio naturalista José Celestino Mutis. Bogotá: Ministerio de Educación Nacional, 1947, 4 vols.

Arte hispánico en Colombia. Bogotá: Dirección de Información y Propaganda del Estado, 1955, 122 p.

Aspectos de la Cultura en Colombia. Bogotá: Universidad Nacional, 1947.

Bolívar: de Cartagena a Santa Marta. Bogotá: Litografía Arco, 1980.

Breve epistolario de don Miguel Antonio Caro. Bogotá: Instituto Caro y Cuervo, 1961, 12 p.

Cartas íntimas del General Nariño. Bogotá: Ediciones Sol y Luna, 1966.

Casa de Nariño. Bogotá: Benjamín Villegas, 1985, 75 p.

Cómo nació la República de Colombia. Bogotá: Academia Colombiana de Historia, 2004, 116 p. Colección Bolsilibros No. 54.

Crónica del muy ilustre Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario.  Bogotá: Editorial Centro, 1938-1940, 2 tomos.

De historias y crónicas. Bogotá: Editorial Minerva, 1929, 110 p.

Diario de observaciones de José Celestino Mutis. Bogotá: Editorial Minerva, 1958, 2 tomos.

Diez años en la vida de Nariño. Bogotá: Instituto Caro y Cuervo, 1965, 63 p.

Documentos para la historia de la Educación en Colombia. Bogotá: Editorial Andes, 1969, 6 tomos.

Documentos sobre el doctor Vicente Azuero. Bogotá: Academia Colombiana de Historia, 1944.

El Colegio de San Bartolomé. Bogotá: Talleres de Ediciones Colombia, 1926, 338 p.

El Congreso Anfictiónico de 1826: Panamá en el pensamiento bolivariano. Bogotá: Ediciones Sol y Luna, 1976, 94 p.

El Plan de Estudios del Arzobispo-Virrey. Bogotá: Instituto Caro y Cuervo, 1946, 30 p.

El proceso de Nariño a la luz de documentos inéditos. Orígenes de la Independencia Nacional de Colombia. Bogotá: Academia Colombiana de Historia, 1958.

El proceso de Nariño a la luz de los documentos inéditos. Bogotá: Editorial ABC, 1958, 327 p.

Epistolario de Rufino José Cuervo con Luis María Lleras y otros amigos y familiares. Bogotá: Imprenta Patriótica del Instituto Caro y Cuervo, 1969.

Escritos autobiográficos de Francisco de Paula Santander (1820-1840). Bogotá: Biblioteca de la Presidencia de la República, 1988.

Escritos científicos de don José Celestino Mutis. Bogotá: Instituto Colombiano de Cultura Hispánica, 1983, 2 vols.

Estudios Históricos. Bogotá: Talleres de Ediciones Colombia, 1926.

Gregorio Vásquez de Arce y Ceballos. Bogotá: Banco Cafetero, 1965.

Guía de Bogotá. Arte y tradición. Bogotá: Librería Voluntad, 1946.

Historia de la Biblioteca Nacional de Colombia. Bogotá: Instituto Caro y Cuervo, 1977, 447 p.

Historia documental de la Real Expedición Botánica del Nuevo Reino de Granada después de la muerte de su director don José Celestino Mutis, 1808-1952. Bogotá: Fundación Segunda Expedición Botánica, 1986, 489 p.

Historia pictórica de Colombia. De la época precolombina a la República. Medellín: Movifoto, 1969.

Iconografía de don Antonio Nariño y recuerdos de su vida. Bogotá: Empresa de Teléfonos de Bogotá, 1983, 86 p.

La iglesia de San Francisco. Su valor en la historia y en el arte bogotanos. Bogotá: Editorial Águila, 1936.

Mujeres de la Colona. Bogotá: Imprenta Municipal,

Nariño: precursor de la asistencia social: una faceta desconocida. Sesquicentenario de la muerte, diciembre 13 de 1823-diciembre 13 de 1973. Villa de Leyva: Beneficencia de Cundinamarca, 1973, 14 p.

Poemas en alabanza de los defensores de Cartagena de Indias en 1741. Bogotá: Instituto Caro y Cuervo, 1982, 283 p.

Poesía popular y poesía culta ante la emancipación colombiana: 1781-1829. Bogotá: Instituto Caro y Cuervo, 1961, 27 p.

Por la enseñanza del griego en Santafé. Bogotá: Instituto Caro y Cuervo, 1959, 12 p.  

Recuerdos de la Reconquista. El Consejo de Purificación. Bogotá: Imprenta Nacional, 1935. Estampas Santafereñas. Publicación de la Academia Colombiana de Historia en homenaje a la ciudad de Bogotá en el IV centenario de su fundación. Bogotá, Editorial ABC, 1938.

Representación del Arzobispo-Virrey para promover la erección de una Universidad Mayor en la ciudad de Santa Fe de Bogotá, 1787. Bogotá: Instituto Caro y Cuervo, 1961, 16 p.

Ricardo Gómez Campuzano. Bogotá: Villegas Editores, 1987, 191 p.

Teatro del arte colonial. Bogotá: Litografía Colombia, 1938.

Tratados de Minería y estudios geológicos de la época colonial, 1616-1803. Bogotá: Academia Colombiana de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales, 1991, 91 p.

Una biblioteca de Santa Fe de Bogotá en el siglo XVII. Bogotá: Instituto Caro y Cuervo, 1960, 52 p.

Vida y escritos del doctor José Félix de Restrepo. Bogotá: Imprenta Nacional, 1935.

Su obra completa está reunida en el folleto: Bibliografía de don Guillermo Hernández de Alba. Bogotá: Instituto Caro y Cuervo, 1989.