Estudió Filosofía y Letras en el Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario. En la Universidad Nacional obtuvo el 20 de febrero de 1895 el título de Doctor en Derecho y Ciencias Políticas.

Miembro fundador de la Academia Colombiana de Historia. Se posesionó como Académico Numerario el 11 de mayo de 1902 y ocupó la silla No. 16.

Relator de la Corte Suprema de Justicia.

Juez del Circuito de Bogotá.

Juez Superior del Distrito Judicial de Cundinamarca.

Consejero de Bogotá en 1900.

Secretario General de la Vicepresidencia de la República en 1903.

Secretario de la Facultad de Derecho y Ciencias Políticas de la Universidad Nacional, julio de 1905.

Secretario de la Dirección de Correos y Telégrafos y Jefe del servicio internacional del ramo entre 1906 y 1907.

Jefe de la Sección 5ª de Prensas y Estadísticas del Ministerio de Gobierno entre 1907 y 1909.

Subsecretario del Ministerio de Gobierno en 1909.

Jefe de los Archivos Nacionales en 1911.

Director de la Imprenta Nacional a partir del 20 de octubre de 1911.

Secretario de Hacienda de Cundinamarca.

Profesor de las Escuelas de Jurisprudencia, Nacional de Comercio, Modelo de Bogotá y del Colegio Departamental de La Merced.

Delegado al Tercer Congreso Panamericano reunido en Lima.

Miembro Correspondiente de la Academia Nacional de Historia de Venezuela.

Individuo Correspondiente de la Real Academia de Historia de Madrid.

Miembro Correspondiente de la Sociedad de Historia Internacional de Francia.

“Don José Nicolás de Rivas, coronel de la Independencia”, en: Boletín de Historia y Antigüedades, Vol. III, No. 30, Bogotá: Academia Colombiana de Historia, octubre de 19º5, pp. 343-366.

“Elogio del señor doctor Manuel Antonio de Pombo, miembro fundador de la Academia Nacional de Historia, octubre 28 de 1910”, en: Boletín de Historia y Antigüedades, Vol. VI, No. 65, Bogotá: Academia Colombiana de Historia, octubre de 1910, pp. 294-301.

“Joaquín Caycedo y Cuero”, en: Boletín de Historia y Antigüedades, Vol. II, No. 19, Bogotá: Academia Colombiana de Historia, marzo de 1904, pp. 412-417.

“Nuestra primera Constitución”, en: Boletín de Historia y Antigüedades, Vol. III, No. 27, Bogotá: Academia Colombiana de Historia, marzo de 1905, pp. 149-174.

“Próceres colombianos”, en: Hacaritama, No. 125, Ocaña, Academia de Historia de Ocaña, octubre de 1945, pp. 235-238.

“Travesuras de Himeneo”, en: Boletín de Historia y Antigüedades, Vol. II, No. 23, Bogotá: Academia Colombiana de Historia, julio de 1904, pp. 641-648.

“Vicente Anaya”, en: Boletín de Historia y Antigüedades, Vol. I, No. 6, Bogotá: Academia Colombiana de Historia, febrero de 1903, pp. 273-275.

Constituciones de Colombia. Bogotá: Imprenta de La Luz, 1911 2 tomos.

Estudios históricos recopilados. Bogotá: Ministerio de Educación Nacional, 1952.

La Convención de Ocaña. Bogotá: Imprenta Nacional, 1908, 530 p.

La primera comunión y el apostolado de Vargas Vila. Bogotá: Casa Editorial de La Cruzada, 1924, 17 p.

Un pedagogo de diez años: José Ignacio Trujillo. Bogotá: [s. n.], 1918, 8 p.

Viceversas liberales. Documentos relativos a la historia del Liberalismo colombiano. Bogotá: Imprenta de la Cruzada, 1928, 692 p.

Notas biográficas y bibliográficas

Aguilera, Miguel. “Boceto biográfico de José Joaquín Guerra”, en: Boletín Cultural y Bibliográfico, Vol. 15, No. 1, Bogotá: Banco de la República, 1978, pp. 40-49.